More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0955 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  76.43 
 
 		 329 aa  474  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  74.67 
 
 		 304 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  69.08 
 
 		 304 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 304 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  68.42 
 
 		 306 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  68.23 
 
 		 347 aa  423  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  67.22 
 
 		 305 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 305 aa  333  3e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  53.04 
 
 		 309 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  52.36 
 
 		 309 aa  318  7e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.85 
 
 		 308 aa  316  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  51.52 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 303 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 312 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  49.67 
 
 		 310 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  52.03 
 
 		 301 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  52.03 
 
 		 301 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 310 aa  296  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.86 
 
 		 306 aa  211  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  42.93 
 
 		 222 aa  167  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 304 aa  95.9  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 324 aa  91.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  24.48 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  23.95 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 303 aa  89  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  29.07 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 319 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02580  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  85.5  9e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  26.4 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  24.79 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.25 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  25.21 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.94 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.41 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  24.79 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.44 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.22 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.22 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.22 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>