More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2897 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  665    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  80.67 
 
 		 304 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  76.41 
 
 		 304 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  76.43 
 
 		 304 aa  474  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  70.51 
 
 		 304 aa  433  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  69.13 
 
 		 306 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  61.68 
 
 		 347 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 305 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 305 aa  328  6e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  51.01 
 
 		 305 aa  315  8e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 303 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  51.35 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.34 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  51.35 
 
 		 309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  51.34 
 
 		 308 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 303 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 310 aa  291  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 302 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  49.67 
 
 		 301 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  49.67 
 
 		 301 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.82 
 
 		 306 aa  207  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 222 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  31.28 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 312 aa  94  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 300 aa  94  4e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  25.31 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 293 aa  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  25.31 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.35 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  25.31 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  25.51 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 292 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 300 aa  89.4  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 296 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 307 aa  89  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.75 
 
 		 292 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.32 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  22.69 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  28.02 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  28.74 
 
 		 312 aa  87.8  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.44 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  22.41 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.05 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  22.31 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 335 aa  86.3  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 309 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 302 aa  85.9  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.59 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4455  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00246938 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  21.99 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  27.59 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  24.35 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.59 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.59 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.59 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.59 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  27.59 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>