More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3862 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  328  8e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  53.31 
 
 		 309 aa  328  8e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  51.32 
 
 		 305 aa  324  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 305 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.01 
 
 		 308 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  49.01 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 304 aa  305  7e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  52.86 
 
 		 304 aa  305  8.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 304 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 304 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 305 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 347 aa  292  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 306 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 329 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 		 310 aa  271  9e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 310 aa  264  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 302 aa  249  6e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.2 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 222 aa  151  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 294 aa  92.8  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 303 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.17 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  23.74 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 329 aa  87.4  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.78 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.78 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.39 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  25.39 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  25.81 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  25.39 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.78 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.78 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  24.44 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.9 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  24.21 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  27.06 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.06 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  24.21 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.06 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.06 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  27.06 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.06 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  24.51 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  21.83 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.06 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  24.6 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0189  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  28.52 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>