More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0626 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  611  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  78.79 
 
 		 222 aa  322  7e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 304 aa  292  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  48.5 
 
 		 304 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 304 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 329 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 306 aa  278  8e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 312 aa  273  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 304 aa  271  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 305 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 347 aa  268  7e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  43.56 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  44.44 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.11 
 
 		 308 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  42.62 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  42.62 
 
 		 309 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  42.05 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 301 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 301 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.93 
 
 		 306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1229  transcriptional regulator, LysR family  82.35 
 
 		 69 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  27.39 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.97 
 
 		 325 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  28.05 
 
 		 303 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  23.89 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 308 aa  90.9  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  26.94 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  23.89 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  23.36 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 311 aa  86.7  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 321 aa  86.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  24.33 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  25.31 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  24.39 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  23.72 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  23.76 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  23.67 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  24.39 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 		 325 aa  82.4  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  22.87 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2560  transcriptional regulator, LysR family  25.54 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000128008 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  23.17 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  23.17 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  24.14 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  21.72 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  21.72 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  24.51 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  21.72 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  25.11 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  25.11 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>