More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1239 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  637    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  75.74 
 
 		 312 aa  489  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  75.83 
 
 		 310 aa  462  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  50.33 
 
 		 304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 347 aa  295  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 305 aa  292  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 329 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 304 aa  288  6e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  46.86 
 
 		 308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.86 
 
 		 308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 306 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 303 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 303 aa  285  7e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 304 aa  279  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  45.75 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  45.1 
 
 		 309 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.09 
 
 		 306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  41.71 
 
 		 222 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  24.73 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  29.05 
 
 		 309 aa  99  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 308 aa  95.5  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2560  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 325 aa  89.7  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000128008 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02580  transcriptional regulator  27.85 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  24.21 
 
 		 316 aa  85.9  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  23.05 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  25.18 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.62 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  24.62 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  26.52 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  24.62 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  23.74 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  23.93 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  24.6 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  23.74 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  25.25 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  22.81 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  27 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  27.38 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  24.08 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  24.19 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  23.13 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  20.59 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  25.6 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2847  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.113513  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>