More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0899 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  569  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  68.52 
 
 		 278 aa  391  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  68.23 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  46.48 
 
 		 281 aa  250  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 278 aa  236  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 279 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 279 aa  168  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 273 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 257 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 280 aa  99.8  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 307 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.64 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 309 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.31 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.31 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 298 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 298 aa  89.7  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.31 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.31 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.31 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.31 
 
 		 305 aa  89  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.9 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  27.03 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.73 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.73 
 
 		 319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.54 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  30.06 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.89 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.73 
 
 		 319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.73 
 
 		 319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.73 
 
 		 319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.78 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 316 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 418 aa  86.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 289 aa  86.3  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 293 aa  86.3  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 302 aa  85.9  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 304 aa  85.9  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 299 aa  85.9  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  26.35 
 
 		 306 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  26.35 
 
 		 304 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  26.35 
 
 		 306 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  26.35 
 
 		 306 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  26.35 
 
 		 306 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  26.35 
 
 		 306 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 302 aa  85.5  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  26.35 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 300 aa  85.5  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 319 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  28.21 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>