More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3265 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 278 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  29.8 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  29.18 
 
 		 278 aa  95.5  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  28.95 
 
 		 281 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5622  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 326 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 326 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 326 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  27.23 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  31.73 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  31.73 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  31.73 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  31.73 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  31.73 
 
 		 304 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  31.73 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.79 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7661  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  24.48 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  31.33 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  32.84 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 328 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  30.92 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6475  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.19 
 
 		 295 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.19 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  35.2 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  29.17 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  33.33 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>