More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4101 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 311 aa  631  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  84.88 
 
 		 297 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  84.19 
 
 		 297 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  79.11 
 
 		 298 aa  484  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  61.99 
 
 		 309 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 296 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 296 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  60.62 
 
 		 311 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 294 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  59.93 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  59.59 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  59.93 
 
 		 302 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 302 aa  362  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 305 aa  358  5e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 297 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 299 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  57.88 
 
 		 297 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 299 aa  346  3e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 297 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  55.78 
 
 		 318 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 		 297 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 316 aa  342  5e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 299 aa  325  9e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 290 aa  305  5.0000000000000004e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  44.21 
 
 		 303 aa  242  6e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 		 307 aa  238  9e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  36.67 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 351 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 268 aa  149  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  32.44 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.26 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.12 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.8 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.8 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 308 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.8 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.84 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.83 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.44 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  27.38 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.11 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  28.94 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.76 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.14 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>