More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2859 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
290 aa  578  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
296 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  60.7 
 
 
294 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  56.64 
 
 
297 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  56.64 
 
 
297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  53.98 
 
 
311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  56.49 
 
 
302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 
311 aa  301  9e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  54.04 
 
 
298 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  56.14 
 
 
302 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  52.56 
 
 
311 aa  298  7e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 
311 aa  298  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  53.68 
 
 
309 aa  292  4e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 
297 aa  285  8e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 
299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 
316 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 
299 aa  275  8e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  51.55 
 
 
318 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 
297 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  51.89 
 
 
297 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
297 aa  268  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 
297 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 
299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 
303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
307 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
302 aa  193  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  38.4 
 
 
314 aa  188  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
311 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 
300 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
314 aa  186  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  40.38 
 
 
302 aa  181  9.000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 
336 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 
340 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
340 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  37.66 
 
 
308 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
316 aa  158  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
320 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
317 aa  152  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
297 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
322 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.4 
 
 
293 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
293 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
298 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 
298 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 
301 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 
300 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
268 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
295 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
295 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
295 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 
300 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
295 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  34.14 
 
 
296 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 
294 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  28.17 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.22 
 
 
295 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
306 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 
299 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
305 aa  102  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 
300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
317 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 
313 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.01 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.01 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
309 aa  97.4  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
320 aa  96.7  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.41 
 
 
311 aa  96.7  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.41 
 
 
311 aa  96.7  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
300 aa  95.9  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
328 aa  95.9  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.77 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.02 
 
 
311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.02 
 
 
311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.02 
 
 
311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.02 
 
 
311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
300 aa  93.6  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  32.3 
 
 
314 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 
300 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
300 aa  93.6  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  34.02 
 
 
302 aa  93.2  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
300 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
307 aa  92.8  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
296 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
296 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
321 aa  92.4  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 
308 aa  92.4  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 
320 aa  92.4  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
308 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>