More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2713 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 340 aa  696    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  97.65 
 
 		 340 aa  662    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  66.45 
 
 		 351 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 311 aa  202  8e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  36.27 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  35.17 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 307 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  31.77 
 
 		 314 aa  159  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 295 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 293 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 322 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.61 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 311 aa  152  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 295 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  33.47 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 268 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 		 295 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 292 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  25.85 
 
 		 294 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 295 aa  106  6e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 293 aa  104  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 300 aa  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.4 
 
 		 301 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 295 aa  102  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.61 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.61 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>