More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2452 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  617  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  59.66 
 
 		 307 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 299 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 297 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 296 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 298 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  44.21 
 
 		 297 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  44.21 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 302 aa  249  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 290 aa  246  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 309 aa  245  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 316 aa  241  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 300 aa  235  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 311 aa  229  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 311 aa  228  8e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  39.65 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  38.6 
 
 		 318 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 336 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 314 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  36.77 
 
 		 314 aa  198  7.999999999999999e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 340 aa  178  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 351 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 316 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 322 aa  145  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 320 aa  136  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 292 aa  132  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.78 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.64 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  30.54 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.63 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.63 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.97 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 311 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 311 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.63 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.69 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 295 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.34 
 
 		 311 aa  102  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.34 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.93 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.03 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.34 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.34 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 295 aa  99.8  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.86 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 300 aa  99.4  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>