More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1476 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  595  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 303 aa  231  9e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 311 aa  208  8e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  40.62 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  38.57 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  39.71 
 
 		 318 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 297 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 290 aa  191  9e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  188  9e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 314 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 340 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 340 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  32.34 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 351 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 322 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 268 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.69 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 298 aa  116  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 306 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  30.64 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  27.31 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.18 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.83 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.69 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.8 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.14 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.14 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.83 
 
 		 296 aa  96.7  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 309 aa  95.5  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 327 aa  92.8  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  26.83 
 
 		 319 aa  92.4  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  26.83 
 
 		 319 aa  92.4  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 289 aa  92.4  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 306 aa  92.4  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  26.83 
 
 		 319 aa  92.4  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  26.83 
 
 		 319 aa  92.4  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.8 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>