More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4560 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  56.85 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  56.16 
 
 		 297 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  53.61 
 
 		 311 aa  325  8.000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 309 aa  316  4e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 302 aa  311  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 302 aa  310  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 298 aa  308  8e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 297 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  300  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 297 aa  298  8e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 296 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 294 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 296 aa  296  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 311 aa  295  6e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 311 aa  295  9e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  51.24 
 
 		 318 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 297 aa  292  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  48.47 
 
 		 311 aa  291  7e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 316 aa  290  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  50.88 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 290 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 297 aa  231  9e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 336 aa  215  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 311 aa  198  7.999999999999999e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 340 aa  191  9e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  32.21 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 351 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 320 aa  142  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.12 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 295 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  28.82 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.33 
 
 		 295 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.38 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.59 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.52 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.46 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.98 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.98 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.96 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.98 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  24.54 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.39 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.19 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.37 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.37 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.37 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.37 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>