More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4074 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  618  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  59.49 
 
 		 316 aa  360  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  59.24 
 
 		 322 aa  352  5e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  50.8 
 
 		 320 aa  283  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 297 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  37.5 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  34.19 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  37.31 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  35.88 
 
 		 318 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 309 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.77 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  32.5 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 311 aa  133  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 351 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 295 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  32.92 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.2 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.15 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.56 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.15 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.2 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 268 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 316 aa  97.4  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.27 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 311 aa  96.3  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.96 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.96 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.96 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.96 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.96 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.61 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.6 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.8 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.6 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.15 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.79 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 304 aa  90.5  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 345 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.04 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.04 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.86 
 
 		 311 aa  89.4  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.36 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>