More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4601 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  98.98 
 
 		 295 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  97.97 
 
 		 295 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  91.5 
 
 		 295 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  68.15 
 
 		 294 aa  424  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  67.81 
 
 		 299 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.29 
 
 		 293 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  62.59 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 295 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  63.45 
 
 		 306 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  58.02 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 306 aa  348  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  33.79 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 311 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  33.22 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  30.53 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  32.53 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  32.23 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 290 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 268 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.87 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.1 
 
 		 298 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.1 
 
 		 298 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.1 
 
 		 298 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.48 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.59 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.59 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.59 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.59 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.59 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.83 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.92 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 310 aa  99.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2440  transcriptional regulator, putative hydrogen peroxide-inducible regulon activator  27.8 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.86 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.89 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.15 
 
 		 305 aa  95.5  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.39 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.39 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.39 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  26.07 
 
 		 312 aa  93.6  4e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.33 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.48 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>