More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4944 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 
293 aa  591  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  97.27 
 
 
293 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  83.9 
 
 
295 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  63.29 
 
 
295 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  63.64 
 
 
295 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  63.29 
 
 
295 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  63.99 
 
 
299 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  63.86 
 
 
296 aa  371  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  61.75 
 
 
295 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  69.47 
 
 
306 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  68.07 
 
 
306 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  55.33 
 
 
294 aa  331  7.000000000000001e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 
300 aa  202  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  41.6 
 
 
300 aa  202  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
298 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 
298 aa  191  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
302 aa  168  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 
302 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
299 aa  158  9e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  39.83 
 
 
297 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
298 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 
340 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 
311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 
340 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  36.8 
 
 
302 aa  150  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 
301 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 
299 aa  149  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  34.3 
 
 
314 aa  149  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
290 aa  149  7e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
309 aa  149  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
311 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 
311 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  34.54 
 
 
299 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  32.34 
 
 
311 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 
297 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 
297 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
297 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
314 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 
297 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
292 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
294 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
316 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
297 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
297 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
320 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 
308 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 
322 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 
351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  31.54 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
297 aa  133  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
299 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
307 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 
303 aa  130  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
296 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
316 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 
336 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.31 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
308 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
308 aa  106  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.56 
 
 
299 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.71 
 
 
296 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27 
 
 
296 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 
313 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 
305 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.09 
 
 
292 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
292 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24 
 
 
300 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 
295 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.95 
 
 
295 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.48 
 
 
295 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.64 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 
304 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 
300 aa  99  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
332 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.99 
 
 
300 aa  99  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 
300 aa  99  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 
300 aa  99  8e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.71 
 
 
305 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.08 
 
 
305 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 
313 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
296 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
301 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
308 aa  97.4  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
309 aa  97.4  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
296 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.1 
 
 
305 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.1 
 
 
305 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.1 
 
 
305 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.1 
 
 
305 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>