More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4408 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  100 
 
 		 311 aa  627  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  98.71 
 
 		 311 aa  616  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  95.79 
 
 		 311 aa  595  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  76.01 
 
 		 305 aa  472  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 302 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  71.48 
 
 		 302 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  64.53 
 
 		 297 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  64.86 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  59.04 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  59.39 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 297 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  63.85 
 
 		 318 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 297 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  59.59 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  60.62 
 
 		 299 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 316 aa  352  7e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 296 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 296 aa  338  8e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 294 aa  334  9e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 290 aa  298  7e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 299 aa  291  8e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 297 aa  281  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 303 aa  225  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 307 aa  219  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 340 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  34.01 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 322 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 317 aa  172  7.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 316 aa  168  9e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 295 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  35.14 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.34 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 268 aa  133  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.6 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.6 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.6 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.6 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.6 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.71 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 296 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  25.72 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.92 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.92 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 300 aa  96.3  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  29.53 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.53 
 
 		 319 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>