More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1712 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  76.85 
 
 		 300 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  74.16 
 
 		 300 aa  458  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 298 aa  427  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42 
 
 		 293 aa  191  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  41.63 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  31.13 
 
 		 311 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  34.35 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  32.51 
 
 		 311 aa  132  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 305 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  30.56 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  33.74 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  30.83 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 316 aa  99.8  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 299 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  95.9  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.52 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.04 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  27.31 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  27.69 
 
 		 324 aa  93.6  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 315 aa  92.4  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  25.26 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.92 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 306 aa  90.9  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>