More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0404 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 309 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  60.96 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  60.62 
 
 		 302 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  60.96 
 
 		 311 aa  362  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 298 aa  361  7.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  60.27 
 
 		 311 aa  361  8e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 302 aa  360  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  60.62 
 
 		 311 aa  357  9e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  58.68 
 
 		 297 aa  357  9e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  57.99 
 
 		 297 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  57 
 
 		 311 aa  355  5e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 305 aa  347  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  60.27 
 
 		 297 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 297 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  57.91 
 
 		 318 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 297 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 316 aa  333  3e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 296 aa  329  4e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 296 aa  328  6e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 294 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  277  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 290 aa  275  9e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  45.15 
 
 		 307 aa  252  6e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 300 aa  203  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 340 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 340 aa  188  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  35.35 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  37.31 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  33.8 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.94 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  27.18 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  27.94 
 
 		 306 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.14 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.64 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.66 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.18 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 328 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  28.4 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  32.51 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.87 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>