More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0842 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  61.3 
 
 		 302 aa  387  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  61.3 
 
 		 302 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  62.8 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  62.46 
 
 		 311 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 309 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  65.75 
 
 		 297 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  62.12 
 
 		 311 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  60.96 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  58.98 
 
 		 297 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  63.36 
 
 		 297 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  58.64 
 
 		 297 aa  362  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  63.01 
 
 		 318 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 305 aa  354  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  55.93 
 
 		 311 aa  346  3e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 294 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 316 aa  327  2.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 296 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 296 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 290 aa  282  4.0000000000000003e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 297 aa  269  4e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  209  7e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  33.11 
 
 		 314 aa  185  6e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  158  8e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 268 aa  152  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  30.67 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.47 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  26.34 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 305 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.71 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.19 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.97 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.91 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 306 aa  99.4  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 332 aa  99  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 303 aa  99  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 295 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.29 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>