More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3482 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
309 aa  620  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  69.36 
 
 
302 aa  428  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  69.49 
 
 
302 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  70.61 
 
 
297 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  69.93 
 
 
297 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  66.34 
 
 
311 aa  410  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  69.59 
 
 
297 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 
297 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  65.68 
 
 
311 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  68.58 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  66.55 
 
 
311 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  64.01 
 
 
297 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  65.9 
 
 
305 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  64.01 
 
 
297 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  61.99 
 
 
311 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 
298 aa  386  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  64.04 
 
 
299 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  62.21 
 
 
316 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 
299 aa  375  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 
294 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  60.82 
 
 
296 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  60.82 
 
 
296 aa  354  1e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 
299 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 
297 aa  305  6e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  53.68 
 
 
290 aa  292  4e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 
303 aa  240  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  42.46 
 
 
307 aa  229  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 
336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 
314 aa  210  3e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
340 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
340 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
302 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
300 aa  202  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  35.02 
 
 
314 aa  192  5e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 
302 aa  180  4e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 
351 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
322 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
308 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
320 aa  166  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
316 aa  165  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
295 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
295 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
295 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
297 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
295 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
313 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
299 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
295 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 
293 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 
293 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
268 aa  143  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  32.07 
 
 
296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 
300 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
306 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 
300 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.37 
 
 
299 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.72 
 
 
295 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.6 
 
 
304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.86 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.93 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.21 
 
 
302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.21 
 
 
302 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 
307 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.21 
 
 
305 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.91 
 
 
302 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  31.37 
 
 
307 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.1 
 
 
305 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
319 aa  106  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.1 
 
 
305 aa  106  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 
315 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.1 
 
 
305 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.5 
 
 
302 aa  105  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
319 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.53 
 
 
319 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 
313 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
308 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>