More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4916 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  627  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  96.12 
 
 		 311 aa  598  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  95.79 
 
 		 311 aa  595  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  76.85 
 
 		 305 aa  481  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  73.15 
 
 		 302 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  73.97 
 
 		 302 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  66.34 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  59.73 
 
 		 297 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  59.73 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 299 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  60.62 
 
 		 311 aa  376  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 298 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  64.53 
 
 		 297 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 297 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  63.51 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 297 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  60.27 
 
 		 299 aa  361  8e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  59.6 
 
 		 316 aa  357  9.999999999999999e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 296 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 296 aa  341  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 294 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 290 aa  298  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 299 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 297 aa  288  6e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 307 aa  219  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 340 aa  206  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 311 aa  195  8.000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  34.01 
 
 		 314 aa  179  7e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 320 aa  165  9e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 295 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.01 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  35.47 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 297 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 268 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 292 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.75 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.67 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.67 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.67 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.67 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.67 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.07 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.33 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.84 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.73 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.84 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.84 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>