More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4648 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  86.2 
 
 		 318 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  85.19 
 
 		 297 aa  514  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  85.19 
 
 		 297 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  84.18 
 
 		 297 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 309 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  66.33 
 
 		 302 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 302 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  62.16 
 
 		 311 aa  393  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 299 aa  393  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  62.5 
 
 		 311 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  62.5 
 
 		 311 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  61.94 
 
 		 297 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  61.94 
 
 		 297 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 298 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  60.81 
 
 		 305 aa  374  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  57.53 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  58.9 
 
 		 299 aa  361  8e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  58.98 
 
 		 316 aa  358  8e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 294 aa  349  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 296 aa  346  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 296 aa  345  7e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 299 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 297 aa  291  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 290 aa  285  8e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 340 aa  202  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 340 aa  202  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  34.68 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 322 aa  175  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 317 aa  165  9e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 295 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.19 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 268 aa  145  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  29.9 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  26.98 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.11 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.77 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.35 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.35 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.35 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.15 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.15 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.15 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  24.74 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.15 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.74 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.74 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.65 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.65 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.67 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.67 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  28.08 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  23 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.08 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>