More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0987 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
316 aa  639    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  62.21 
 
 
309 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  59.6 
 
 
311 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  59.6 
 
 
311 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 
302 aa  352  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  59.26 
 
 
311 aa  352  7e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
305 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  57.97 
 
 
302 aa  346  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  57.09 
 
 
297 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  56.31 
 
 
297 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  56.85 
 
 
311 aa  342  5.999999999999999e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  58.57 
 
 
297 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  57.6 
 
 
297 aa  338  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  59.29 
 
 
297 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  58.98 
 
 
318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  55.82 
 
 
299 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  58.21 
 
 
297 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 
298 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 
299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 
296 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 
294 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 
296 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
299 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 
290 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
297 aa  275  7e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 
303 aa  238  8e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
307 aa  202  6e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
302 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 
336 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
311 aa  194  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 
314 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  36.73 
 
 
314 aa  190  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 
340 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 
340 aa  188  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
300 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 
302 aa  172  5.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 
301 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 
351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
320 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
308 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 
313 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
295 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 
293 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
316 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 
293 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
299 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 
298 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
268 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 
294 aa  132  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 
300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  32.32 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  32.31 
 
 
296 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
306 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.37 
 
 
311 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.37 
 
 
311 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.37 
 
 
311 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.97 
 
 
311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.97 
 
 
311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.97 
 
 
311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.97 
 
 
311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
312 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.64 
 
 
301 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
306 aa  102  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.76 
 
 
311 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 
322 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.31 
 
 
295 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 
300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 
307 aa  99.4  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
305 aa  99  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.78 
 
 
328 aa  99  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
305 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
305 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 
300 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
316 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
305 aa  98.6  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 
304 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
313 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.87 
 
 
297 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
319 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 
303 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
307 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
307 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
305 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
297 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>