More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0115 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  632  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  31.23 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  29.66 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 336 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 340 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 340 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  28.32 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  28.9 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 295 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  29.79 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.27 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 293 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  33.95 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 306 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 292 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 306 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 268 aa  87  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.52 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.26 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.83 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2339  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 308 aa  79  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.111299  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.89 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  27.35 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.87 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4734  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897259 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>