More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_68420 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  92.81 
 
 		 306 aa  558  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  69.47 
 
 		 295 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  69.18 
 
 		 296 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  68.07 
 
 		 293 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  68.07 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 295 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  62.28 
 
 		 295 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  60.74 
 
 		 299 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  56.9 
 
 		 294 aa  330  2e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 300 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  34.56 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 351 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  33.56 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  33.79 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  34.52 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  31.41 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 336 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 307 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 268 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.67 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.67 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 292 aa  108  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.85 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.85 
 
 		 296 aa  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.25 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.32 
 
 		 311 aa  98.2  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.11 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.18 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.18 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.18 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 305 aa  95.9  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.79 
 
 		 311 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.79 
 
 		 311 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 312 aa  95.5  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  27.8 
 
 		 314 aa  95.5  9e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.85 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>