More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3192 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  538  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  32.82 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 297 aa  145  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  32.82 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  35.32 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 290 aa  138  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 299 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 316 aa  135  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 297 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  32.08 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.52 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 340 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 351 aa  125  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 340 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 301 aa  115  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 295 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 322 aa  108  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  31.63 
 
 		 296 aa  107  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  27.94 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.97 
 
 		 298 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 298 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.02 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.02 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.02 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 307 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 307 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 313 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 304 aa  86.3  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 310 aa  85.9  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.72 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 316 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1443  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  29.68 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.82 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.82 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.93 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.4 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  23.88 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.83 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2176  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.05 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.55 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  27.71 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>