More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2176 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2176  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 294 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2431  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.47 
 
 		 331 aa  98.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 307 aa  98.2  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.15 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3479  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.46 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.46 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2276  regulatory protein LysR  28.36 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0300565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  31.95 
 
 		 312 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 312 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 312 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.96 
 
 		 325 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 295 aa  95.5  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  27.02 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  27.02 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  27.02 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  27.02 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  31.95 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  27.02 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  27.57 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 298 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.63 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 316 aa  92.4  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 293 aa  92.8  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 288 aa  92.4  9e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 306 aa  92  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 375 aa  92  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.17 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.16 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28.27 
 
 		 320 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 350 aa  90.5  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.25 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  31.66 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  23.98 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>