More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3778 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 336 aa  697    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 299 aa  236  6e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  39.33 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 299 aa  226  6e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  225  8e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 296 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  36.69 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  35.24 
 
 		 311 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 299 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  36.43 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 316 aa  202  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 320 aa  176  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  33.56 
 
 		 314 aa  169  9e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  149  8e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 268 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 295 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  31.35 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 294 aa  126  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.17 
 
 		 293 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.6 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  25.97 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.37 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.37 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.37 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.37 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.1 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 305 aa  99.8  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.89 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.69 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 297 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 297 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 307 aa  96.3  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.81 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.64 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 300 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.43 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.08 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.43 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  26.1 
 
 		 297 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>