More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3197 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  593  1e-168  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  50.99 
 
 		 314 aa  285  5e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  41.6 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  38.44 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 290 aa  181  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 307 aa  175  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 311 aa  175  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 316 aa  172  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  37.55 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  36.29 
 
 		 318 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  39.68 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  39.92 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.8 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 340 aa  142  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  29.2 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 351 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  27.89 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 317 aa  109  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 321 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.59 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.59 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.71 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.59 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.59 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 321 aa  105  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 319 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  34.39 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  32.71 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>