More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5405 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  97.27 
 
 		 293 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  83.9 
 
 		 295 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  64.34 
 
 		 299 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  62.94 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 295 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 295 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  63.86 
 
 		 296 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  61.05 
 
 		 295 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  69.47 
 
 		 306 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  68.07 
 
 		 306 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  54.98 
 
 		 294 aa  330  2e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 300 aa  205  9e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 340 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  35.12 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  32.87 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  32.01 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 297 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 322 aa  132  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.97 
 
 		 315 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.28 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.67 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.4 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.15 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.72 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.45 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.72 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.36 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 332 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.55 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  24.33 
 
 		 312 aa  97.1  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 320 aa  97.1  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.55 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.04 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.04 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.04 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.04 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.04 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>