More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2149 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  616  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  67.81 
 
 		 295 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  67.81 
 
 		 295 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  67.81 
 
 		 295 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 295 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  64.34 
 
 		 293 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.99 
 
 		 293 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  63.45 
 
 		 295 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  58.7 
 
 		 294 aa  363  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  56.16 
 
 		 296 aa  349  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 306 aa  345  7e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  32.56 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  32.23 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  32.55 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 351 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  28.92 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  28.63 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 268 aa  112  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  96.7  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 310 aa  95.9  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.76 
 
 		 295 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.03 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.65 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.65 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.65 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.65 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.65 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.65 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.16 
 
 		 292 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0953  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.44 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  29.93 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.04 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.21 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.99 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.44 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.99 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.44 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.44 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.99 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.44 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.44 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  36.99 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.44 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.44 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>