More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0095 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  652    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5574  LysR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  0.0662694 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 291 aa  242  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2998  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.9 
 
 		 304 aa  90.9  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  26.92 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 308 aa  90.5  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 307 aa  89.4  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  89.4  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 319 aa  89.4  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 331 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  26.92 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  26.92 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0860  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  26.92 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.7 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 302 aa  86.3  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 328 aa  86.3  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.98 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.16 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.16 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.16 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  26.59 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.16 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.16 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.16 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.3 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2888  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  25.39 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.72 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>