More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3456 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  36.95 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 299 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 312 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2465  transcriptional regulator, LysR family  48.24 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 292 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 307 aa  105  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  29.37 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 326 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 326 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 326 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 292 aa  99  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  35.84 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  35.26 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 298 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 301 aa  95.9  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.71 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1774  transcriptional regulator CysB-like protein  26.06 
 
 		 309 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  35.71 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3766  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.12 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 291 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>