More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0256 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0256  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 322 aa  645    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0484  LysR family transcriptional regulator  87.63 
 
 		 186 aa  325  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.311838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  39.06 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6393  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222603 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5884  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5520  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.579894  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4819  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  39.69 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 293 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  39.03 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  35.34 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 323 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 295 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  35.53 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.39 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  35.85 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6844  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 309 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 315 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>