More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3438 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  97.91 
 
 		 287 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  70.77 
 
 		 306 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  69.75 
 
 		 283 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 288 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 288 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 288 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 288 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  64.21 
 
 		 288 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 		 288 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 283 aa  251  7e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 282 aa  237  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 280 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  43.57 
 
 		 283 aa  228  6e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  44.09 
 
 		 281 aa  226  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 284 aa  205  9e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  41.13 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 279 aa  169  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  31.32 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  31.32 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  31.34 
 
 		 284 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 289 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 289 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 282 aa  132  9e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  30.34 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 286 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  32.82 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  31.91 
 
 		 275 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  32.38 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  31.91 
 
 		 273 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  34.1 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  34.1 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  33.75 
 
 		 275 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  34.1 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 281 aa  116  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  34.1 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  34.1 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  33.7 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  33.7 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  34.1 
 
 		 279 aa  115  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  31.03 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  31.54 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  32.57 
 
 		 278 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  31.15 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  31.15 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  31.15 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  25.96 
 
 		 282 aa  112  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  29.83 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  29.83 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  29.83 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 314 aa  92.8  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 310 aa  89.7  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.47 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 295 aa  86.3  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  33.51 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1988  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.48 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  31.95 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.95 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>