More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4035 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  100 
 
 		 275 aa  555  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  97.82 
 
 		 275 aa  544  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  80.73 
 
 		 277 aa  448  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  79.12 
 
 		 275 aa  441  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  75.62 
 
 		 293 aa  425  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  78.6 
 
 		 275 aa  427  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  75.62 
 
 		 293 aa  425  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  75.62 
 
 		 293 aa  425  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  64.73 
 
 		 278 aa  355  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  64.73 
 
 		 278 aa  355  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  64.73 
 
 		 278 aa  355  5e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  64.73 
 
 		 278 aa  354  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  64.73 
 
 		 278 aa  354  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  63.6 
 
 		 273 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  62.91 
 
 		 279 aa  348  6e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  62.91 
 
 		 279 aa  348  6e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  62.55 
 
 		 279 aa  346  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  62.55 
 
 		 279 aa  346  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  62.55 
 
 		 279 aa  346  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  62.55 
 
 		 279 aa  346  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  62.55 
 
 		 279 aa  346  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  62.55 
 
 		 279 aa  346  2e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  62.55 
 
 		 279 aa  345  4e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  45.68 
 
 		 279 aa  208  8e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 289 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 289 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 289 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 286 aa  204  9e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  42.55 
 
 		 284 aa  202  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 286 aa  201  8e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 290 aa  199  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  39.78 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 281 aa  162  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  35.27 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  32.73 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  31.75 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  33.48 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  33.75 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  32.22 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 282 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 284 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 288 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 283 aa  98.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.32 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 316 aa  92  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 350 aa  90.5  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 289 aa  89.4  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 310 aa  89  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 		 312 aa  87  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 281 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.5 
 
 		 315 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 313 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 302 aa  85.5  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.88 
 
 		 363 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>