More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3498 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 288 aa  586  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  64.56 
 
 		 287 aa  384  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  64.21 
 
 		 287 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  63.35 
 
 		 283 aa  361  6e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  61.4 
 
 		 288 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  61.05 
 
 		 288 aa  357  9e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 306 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 288 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  60.7 
 
 		 288 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  45.94 
 
 		 288 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 283 aa  235  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 280 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 282 aa  218  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  47.43 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  40.36 
 
 		 283 aa  202  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 		 284 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  41.8 
 
 		 281 aa  191  9e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  41.61 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 279 aa  165  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  28.83 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  28.07 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 281 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 289 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 286 aa  118  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 281 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  29.72 
 
 		 284 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 283 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 286 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 290 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  31.37 
 
 		 275 aa  109  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  26.88 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  28.95 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  28.95 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  28.67 
 
 		 273 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 275 aa  96.7  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  28.89 
 
 		 279 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  28.89 
 
 		 279 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 279 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  28.89 
 
 		 279 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  28.89 
 
 		 279 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  28.89 
 
 		 279 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  28.89 
 
 		 279 aa  95.9  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  28.52 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  27.8 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  28.52 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  28.15 
 
 		 278 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  27.41 
 
 		 278 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  27.41 
 
 		 278 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  27.41 
 
 		 278 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  27.73 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  27.73 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  27.73 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4827  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133031  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  34.12 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  28.38 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  34.12 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  34.12 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  34.32 
 
 		 454 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  34.12 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.99 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  34.12 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 286 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.42 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>