More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3128 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  627  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  70.77 
 
 		 287 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 287 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 288 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  70.38 
 
 		 288 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  69.69 
 
 		 288 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  68.29 
 
 		 288 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  67.62 
 
 		 283 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60.42 
 
 		 288 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  51.24 
 
 		 288 aa  268  5.9999999999999995e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 283 aa  241  7.999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 280 aa  238  9e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 282 aa  229  6e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 300 aa  228  7e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  41.97 
 
 		 281 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  40.29 
 
 		 283 aa  202  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  39.16 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 281 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  29.39 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 289 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 283 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  29.43 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  29.24 
 
 		 284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  30.92 
 
 		 275 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  29.39 
 
 		 275 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  29.18 
 
 		 275 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  28.27 
 
 		 278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 281 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 285 aa  115  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  27.92 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  27.92 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  29.23 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  27.92 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  26.79 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  30.58 
 
 		 279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  30.58 
 
 		 279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  30.58 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  30.58 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  28.83 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 277 aa  113  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  30.58 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  30.58 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  30.58 
 
 		 279 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  30.58 
 
 		 279 aa  112  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 281 aa  112  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  29.21 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  29.21 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  29.21 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  27.44 
 
 		 279 aa  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.13 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.94 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  28.49 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  25.45 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.49 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>