More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2328 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  59.64 
 
 		 281 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 300 aa  301  9e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  48.24 
 
 		 284 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  43.57 
 
 		 287 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 287 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 280 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 282 aa  209  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.36 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  41.3 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 288 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 288 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  40.07 
 
 		 283 aa  188  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 279 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  30.28 
 
 		 284 aa  132  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  31.54 
 
 		 279 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 289 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  30.2 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 281 aa  125  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 285 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  33.48 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  33.92 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  32.6 
 
 		 275 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  26.54 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  33.48 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 283 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  32.08 
 
 		 293 aa  108  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  32.08 
 
 		 293 aa  108  7.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  32.08 
 
 		 293 aa  108  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 281 aa  106  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  30.04 
 
 		 278 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  30.04 
 
 		 278 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  30.04 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  29.68 
 
 		 278 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  28.82 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  31.33 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 291 aa  102  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 279 aa  97.4  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  29.32 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.26 
 
 		 289 aa  94  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4154  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1486  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0570  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  36.48 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 339 aa  86.7  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 341 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 299 aa  85.5  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  34.64 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 305 aa  85.5  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  33.15 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  32.26 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>