More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1121 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1121  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  685    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 345 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 332 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 341 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 304 aa  95.9  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 306 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 309 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  23.82 
 
 		 309 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 318 aa  90.5  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  25.9 
 
 		 331 aa  89.7  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 301 aa  89.7  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 306 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 306 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  25.79 
 
 		 319 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.5 
 
 		 307 aa  89.4  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 329 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 335 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 316 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 316 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.94 
 
 		 295 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 325 aa  85.9  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3809  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 291 aa  85.9  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.22688  hitchhiker  0.00755616 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  26.18 
 
 		 292 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  34 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.48 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.75 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.75 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.22 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.75 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  25.25 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  31.51 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.09 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  31.51 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.09 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.44 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.44 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.44 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.44 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  82.4  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.82 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  21.97 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 295 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  27.56 
 
 		 312 aa  82.4  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.35 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5622  transcriptional regulator, LysR family  24.42 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.61 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  30.77 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.51 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>