More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1600 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  628  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 292 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  30.42 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 321 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 302 aa  96.7  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 324 aa  93.2  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 311 aa  92.8  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  27.42 
 
 		 331 aa  92.4  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4460  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.220159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 287 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 287 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 321 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  25.21 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 307 aa  91.7  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3996  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 291 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 297 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  25.21 
 
 		 297 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 297 aa  89.7  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 287 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 316 aa  89.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 297 aa  89.7  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 300 aa  89.7  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 326 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 297 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 326 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 326 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2684  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 285 aa  89  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00184293  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.24 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  26.23 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5738  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0329452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  26.38 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4567  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.17477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 315 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  29.41 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3801  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2431  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.97 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>