More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2539 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  95.27 
 
 		 296 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  71.77 
 
 		 301 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  71.09 
 
 		 322 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  69.73 
 
 		 303 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 298 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  62.22 
 
 		 273 aa  346  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  59.86 
 
 		 303 aa  340  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 305 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 322 aa  291  9e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  52.57 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 326 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 212 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 281 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 312 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  41.46 
 
 		 312 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 312 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  41.11 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 306 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 306 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 321 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  40.15 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  40.15 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  40.15 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 284 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 315 aa  90.5  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.27 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.27 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.52 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.27 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.45 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.8 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.33 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.45 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 309 aa  89.4  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 310 aa  89  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 309 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 303 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.45 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.45 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 306 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.8 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.47 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 316 aa  85.9  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 288 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.88 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  24.34 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.34 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.34 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.66 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>