More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4827 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4827  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133031  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 283 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1871  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  40.56 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2482  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2507  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  40.47 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.56 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  39.29 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.75 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 284 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 		 284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3983  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.272698 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 279 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.12 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 284 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 281 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 289 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 283 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 286 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 282 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 286 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 282 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  34.16 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>