More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0336 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0336  diguanylate cyclase  100 
 
 
519 aa  994    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0386848  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.12 
 
 
814 aa  177  5e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
775 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2215  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
775 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2204  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 
775 aa  156  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0312555  normal  0.679079 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2073  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.91 
 
 
785 aa  150  7e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.194634 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  31.41 
 
 
592 aa  143  9e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5012  diguanylate cyclase  33.98 
 
 
493 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3270  diguanylate cyclase  40.16 
 
 
552 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.85 
 
 
765 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795065  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4759  diguanylate cyclase  40.15 
 
 
557 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.805923  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0099  diguanylate cyclase  43.87 
 
 
588 aa  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1613  diguanylate cyclase  31.65 
 
 
588 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.13 
 
 
772 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.288371  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0575  diguanylate cyclase  40.17 
 
 
586 aa  127  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.32 
 
 
782 aa  126  8.000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.20667  normal  0.271629 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  42.01 
 
 
703 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 
769 aa  125  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  43.59 
 
 
819 aa  124  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.03 
 
 
832 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
781 aa  123  8e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
781 aa  123  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
781 aa  123  8e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27346  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0561  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
546 aa  123  9e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2685  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.24 
 
 
706 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1693  diguanylate cyclase  43 
 
 
527 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.13 
 
 
743 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  39.9 
 
 
955 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.58 
 
 
719 aa  121  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2686  diguanylate cyclase  39.56 
 
 
556 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3142  diguanylate cyclase  39.06 
 
 
566 aa  120  7e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.429492  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.09 
 
 
493 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.09 
 
 
493 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  38.59 
 
 
892 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  38.59 
 
 
892 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  38.59 
 
 
892 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  35.43 
 
 
557 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  38.59 
 
 
892 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 
949 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  43.09 
 
 
759 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  43.17 
 
 
423 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0818  EAL and GGDEF domain-containing protein  36.45 
 
 
976 aa  118  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.78 
 
 
1027 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4199  diguanylate cyclase  45.54 
 
 
551 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.57955  normal  0.854948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  42.62 
 
 
423 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.9 
 
 
840 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  38.59 
 
 
735 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.22 
 
 
1037 aa  117  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  38.59 
 
 
892 aa  117  6e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.55 
 
 
1209 aa  117  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  39.52 
 
 
873 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  43.02 
 
 
1006 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.34 
 
 
1251 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  37.81 
 
 
921 aa  116  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.3 
 
 
935 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.76 
 
 
867 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 
684 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.76 
 
 
1215 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.76 
 
 
1215 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.76 
 
 
1215 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.61 
 
 
862 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  38.04 
 
 
604 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  37.66 
 
 
1093 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.9 
 
 
324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 
935 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.32 
 
 
637 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  42.93 
 
 
594 aa  115  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  42.61 
 
 
715 aa  115  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  40.22 
 
 
721 aa  115  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  42.08 
 
 
423 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.99 
 
 
1209 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.31 
 
 
1144 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  44.38 
 
 
651 aa  115  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1232  diguanylate cyclase  48.68 
 
 
726 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17145  normal  0.473143 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
892 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 
315 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  36.87 
 
 
1055 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
598 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2742  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.62 
 
 
894 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0337  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 
490 aa  114  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.622356  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 
780 aa  114  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.85 
 
 
832 aa  114  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.71 
 
 
1034 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.62 
 
 
724 aa  114  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
493 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  37.14 
 
 
283 aa  114  6e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.7 
 
 
310 aa  114  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.861092 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.31 
 
 
891 aa  113  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.82 
 
 
726 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.56 
 
 
693 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.29 
 
 
754 aa  113  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.94 
 
 
765 aa  113  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.87 
 
 
1228 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.37 
 
 
1006 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.71 
 
 
714 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3666  hypothetical protein  42.86 
 
 
733 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.611695  normal  0.775877 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  35.85 
 
 
517 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  33.82 
 
 
923 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.1 
 
 
876 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.71 
 
 
681 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>