More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5012 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5012  diguanylate cyclase  100 
 
 
493 aa  930    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1693  diguanylate cyclase  45.68 
 
 
527 aa  240  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3142  diguanylate cyclase  34.41 
 
 
566 aa  202  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.429492  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.2 
 
 
814 aa  202  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0575  diguanylate cyclase  37.2 
 
 
586 aa  197  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4759  diguanylate cyclase  36.59 
 
 
557 aa  192  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.805923  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3270  diguanylate cyclase  36.82 
 
 
552 aa  190  5e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2686  diguanylate cyclase  36.94 
 
 
556 aa  185  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1613  diguanylate cyclase  36.39 
 
 
588 aa  186  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2204  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.56 
 
 
775 aa  183  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0312555  normal  0.679079 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2261  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.35 
 
 
775 aa  183  6e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2215  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.35 
 
 
775 aa  183  6e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0561  diguanylate cyclase  34.43 
 
 
546 aa  181  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 
781 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 
781 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27346  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 
781 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.27 
 
 
819 aa  177  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.32 
 
 
832 aa  171  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2685  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
706 aa  170  6e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.03 
 
 
782 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.20667  normal  0.271629 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2073  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.24 
 
 
785 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.194634 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0099  diguanylate cyclase  32.12 
 
 
588 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 
765 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795065  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.13 
 
 
769 aa  153  7e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
762 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.84 
 
 
1021 aa  140  6e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.540198 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0336  diguanylate cyclase  35.6 
 
 
519 aa  140  6e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0386848  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.28 
 
 
873 aa  140  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4199  diguanylate cyclase  35.2 
 
 
551 aa  138  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.57955  normal  0.854948 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.61 
 
 
877 aa  136  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.68 
 
 
875 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00996719  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.4 
 
 
772 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.288371  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1119  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.64 
 
 
868 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.135201  normal  0.145859 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.05 
 
 
882 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.05 
 
 
882 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.05 
 
 
882 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.75 
 
 
876 aa  134  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.75 
 
 
876 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.75 
 
 
876 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
592 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.83 
 
 
949 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.1 
 
 
1327 aa  130  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  42.53 
 
 
873 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  45.24 
 
 
1245 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
923 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2342  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.03 
 
 
754 aa  127  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  41.33 
 
 
928 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  45.24 
 
 
1245 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  40.82 
 
 
928 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  42.05 
 
 
876 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  41.33 
 
 
928 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 
888 aa  127  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  42.53 
 
 
862 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.82 
 
 
912 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.66 
 
 
874 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  39.36 
 
 
955 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  41.11 
 
 
937 aa  127  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
937 aa  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  43.64 
 
 
937 aa  126  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  43.6 
 
 
415 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.62 
 
 
884 aa  125  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  41.82 
 
 
937 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  40.98 
 
 
932 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.18 
 
 
829 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  40 
 
 
941 aa  125  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
937 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 
858 aa  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.86 
 
 
754 aa  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.5 
 
 
554 aa  123  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.01 
 
 
1014 aa  123  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
1471 aa  123  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
285 aa  123  9e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  39.56 
 
 
921 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  38.46 
 
 
1141 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 
607 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
491 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  41.95 
 
 
944 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  46.34 
 
 
604 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3822  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.11 
 
 
786 aa  121  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.25 
 
 
772 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.660713 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3101  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.25 
 
 
772 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
696 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  43.48 
 
 
763 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
696 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 
652 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 
652 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 
575 aa  120  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.62 
 
 
777 aa  120  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.07 
 
 
324 aa  120  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 
796 aa  120  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.02 
 
 
750 aa  120  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0655785  normal  0.0151156 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  33.02 
 
 
892 aa  120  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  43.2 
 
 
423 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  29.33 
 
 
1086 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.48 
 
 
1423 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 
780 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.51 
 
 
826 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
710 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.08 
 
 
705 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
423 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>