More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4510 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4510  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
465 aa  950    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.195113  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4659  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.42 
 
 
436 aa  322  9.999999999999999e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.89 
 
 
667 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.89 
 
 
668 aa  219  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.83 
 
 
672 aa  218  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.89 
 
 
668 aa  219  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.24 
 
 
664 aa  218  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.24 
 
 
668 aa  218  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.08 
 
 
664 aa  218  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.83 
 
 
672 aa  217  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
702 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
717 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
714 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
711 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
698 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.82 
 
 
674 aa  217  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  40 
 
 
622 aa  216  5e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
702 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
717 aa  216  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.55 
 
 
666 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  40 
 
 
622 aa  216  8e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  40.64 
 
 
594 aa  215  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.27 
 
 
666 aa  216  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.84 
 
 
664 aa  215  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.83 
 
 
671 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.98 
 
 
669 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.27 
 
 
684 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.27 
 
 
681 aa  213  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.02 
 
 
683 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.13 
 
 
667 aa  213  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.02 
 
 
649 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3521  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.88 
 
 
372 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0582772  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.79 
 
 
668 aa  213  7e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.02 
 
 
685 aa  213  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  42.31 
 
 
688 aa  213  7.999999999999999e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.87 
 
 
584 aa  212  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.87 
 
 
685 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.87 
 
 
685 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  38.87 
 
 
584 aa  211  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.02 
 
 
656 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.96 
 
 
819 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.06 
 
 
659 aa  210  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.02 
 
 
710 aa  210  4e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.62 
 
 
696 aa  210  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41 
 
 
599 aa  210  6e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.32 
 
 
697 aa  209  7e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.06 
 
 
718 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
577 aa  209  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.06 
 
 
667 aa  209  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.21 
 
 
666 aa  209  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.06 
 
 
666 aa  209  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  39.02 
 
 
586 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.21 
 
 
665 aa  209  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0895  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 
358 aa  209  1e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000160053  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.37 
 
 
683 aa  208  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.49 
 
 
640 aa  207  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  40.17 
 
 
588 aa  208  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.27 
 
 
374 aa  208  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  40.43 
 
 
579 aa  208  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  36.92 
 
 
621 aa  207  3e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.45 
 
 
375 aa  207  3e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.41 
 
 
595 aa  207  3e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.5 
 
 
586 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
623 aa  207  3e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.68 
 
 
623 aa  207  3e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.27 
 
 
620 aa  207  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4372  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
375 aa  206  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000624256  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4426  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
375 aa  206  5e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000104378  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.28 
 
 
629 aa  206  5e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  38.78 
 
 
589 aa  207  5e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4409  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
375 aa  206  5e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000427068  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.21 
 
 
638 aa  207  5e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0827  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
375 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000804536  decreased coverage  6.75333e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4144  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
375 aa  206  5e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000635558  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4194  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
373 aa  206  6e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000145872  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4032  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
373 aa  206  6e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.92398e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4042  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
373 aa  206  6e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000102439  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4515  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
373 aa  206  6e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000315443  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4314  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
373 aa  206  6e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.2227e-62 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  40.43 
 
 
805 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3019  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 
373 aa  206  6e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000207905  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24330  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.98 
 
 
439 aa  206  6e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134736 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1864  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.54 
 
 
429 aa  206  6e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.123565  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
488 aa  206  7e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  38.19 
 
 
621 aa  206  8e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.11 
 
 
489 aa  206  8e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.43 
 
 
589 aa  206  9e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
480 aa  206  9e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.58 
 
 
802 aa  206  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  39.92 
 
 
805 aa  206  9e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
480 aa  206  9e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
478 aa  206  9e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  38.87 
 
 
616 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.87 
 
 
616 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.87 
 
 
615 aa  206  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
480 aa  206  1e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
528 aa  206  1e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.91 
 
 
590 aa  205  1e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4216  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.63 
 
 
372 aa  206  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000301264  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.85 
 
 
624 aa  206  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>