More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0377 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0377  conserved hypothetical protein, YceG family  100 
 
 		 396 aa  805    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0614  aminodeoxychorismate lyase  52.36 
 
 		 393 aa  382  1e-105  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.415027  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1691  aminodeoxychorismate lyase  41.53 
 
 		 376 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.527988  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1692  aminodeoxychorismate lyase  40.79 
 
 		 382 aa  199  6e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2016  aminodeoxychorismate lyase  33.52 
 
 		 407 aa  184  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658321  normal  0.0585657 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1820  aminodeoxychorismate lyase  36.72 
 
 		 401 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.111847  normal  0.624649 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1349  aminodeoxychorismate lyase  36.54 
 
 		 397 aa  178  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17720  predicted periplasmic solute-binding protein  36.31 
 
 		 395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.412389  normal  0.31092 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2013  aminodeoxychorismate lyase  39.31 
 
 		 588 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000282457 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2045  aminodeoxychorismate lyase  35.36 
 
 		 342 aa  173  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0393494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1328  aminodeoxychorismate lyase  36.42 
 
 		 372 aa  173  5e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0484668  normal  0.302335 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3030  aminodeoxychorismate lyase  40.19 
 
 		 368 aa  172  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2044  aminodeoxychorismate lyase  35.92 
 
 		 385 aa  169  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0389257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16340  predicted periplasmic solute-binding protein  34.68 
 
 		 390 aa  168  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2068  putative integral membrane protein  31.59 
 
 		 685 aa  166  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0278273  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12700  predicted periplasmic solute-binding protein  29.41 
 
 		 422 aa  163  6e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6091  aminodeoxychorismate lyase  35.42 
 
 		 387 aa  161  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.384921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3156  aminodeoxychorismate lyase  34.73 
 
 		 536 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.489263  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2409  aminodeoxychorismate lyase  32.19 
 
 		 397 aa  149  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.105419  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2276  aminodeoxychorismate lyase  33.01 
 
 		 485 aa  149  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.204886  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2137  aminodeoxychorismate lyase  31.71 
 
 		 456 aa  145  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000886776  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1977  aminodeoxychorismate lyase  31.03 
 
 		 418 aa  138  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.337407  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12530  predicted periplasmic solute-binding protein  32.15 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00811784  normal  0.477009 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17710  predicted periplasmic solute-binding protein  33.44 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0437467  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1830  aminodeoxychorismate lyase  33.02 
 
 		 401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.194696  normal  0.869905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0845  periplasmic solute-binding protein-like protein  36.8 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3876  aminodeoxychorismate lyase  30.79 
 
 		 395 aa  125  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2055  aminodeoxychorismate lyase  29.54 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5263  aminodeoxychorismate lyase  29.43 
 
 		 409 aa  117  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1821  aminodeoxychorismate lyase  31.75 
 
 		 401 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000914518 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3212  aminodeoxychorismate lyase  33.86 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0548102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1696  aminodeoxychorismate lyase  32.38 
 
 		 468 aa  113  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255824  normal  0.195294 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2322  aminodeoxychorismate lyase  29.82 
 
 		 587 aa  112  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.284127  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15290  predicted periplasmic solute-binding protein  27.17 
 
 		 493 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444068  normal  0.602564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2389  aminodeoxychorismate lyase  27.66 
 
 		 415 aa  106  8e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0575785 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2348  aminodeoxychorismate lyase  27.66 
 
 		 415 aa  106  8e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.776778  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2395  aminodeoxychorismate lyase  27.66 
 
 		 415 aa  106  8e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.178925 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3073  aminodeoxychorismate lyase  28.66 
 
 		 456 aa  105  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.658866  normal  0.521991 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12574  hypothetical protein  26.81 
 
 		 417 aa  103  4e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00172093  normal  0.0835034 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2642  aminodeoxychorismate lyase  28.57 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0953  aminodeoxychorismate lyase  38.04 
 
 		 335 aa  99.8  7e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316253  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05120  conserved hypothetical protein TIGR00247  33.92 
 
 		 403 aa  98.2  2e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.924204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2380  aminodeoxychorismate lyase  29.12 
 
 		 691 aa  97.8  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3295  aminodeoxychorismate lyase  30.59 
 
 		 434 aa  95.5  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000545955  normal  0.0867897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4144  aminodeoxychorismate lyase  29.14 
 
 		 409 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0208419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3761  aminodeoxychorismate lyase  26.97 
 
 		 415 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2459  aminodeoxychorismate lyase  30.51 
 
 		 344 aa  93.6  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.5911  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1791  aminodeoxychorismate lyase  30.04 
 
 		 339 aa  94  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00439567  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0459  aminodeoxychorismate lyase  29.07 
 
 		 451 aa  92.8  8e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1690  aminodeoxychorismate lyase  27.61 
 
 		 341 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0437285  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1582  hypothetical protein  27.61 
 
 		 341 aa  92  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314961  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3494  hypothetical protein  27.3 
 
 		 363 aa  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000556203  normal  0.010619 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2026  hypothetical protein  25.36 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2275  aminodeoxychorismate lyase  27.72 
 
 		 349 aa  90.9  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1743  hypothetical protein  26.3 
 
 		 333 aa  90.5  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0748  aminodeoxychorismate lyase  29.28 
 
 		 399 aa  89.7  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2950  aminodeoxychorismate lyase  28 
 
 		 353 aa  89.7  8e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1563  aminodeoxychorismate lyase  26.4 
 
 		 369 aa  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0871  aminodeoxychorismate lyase  27.61 
 
 		 339 aa  89.4  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1837  aminodeoxychorismate lyase  25.07 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2534  aminodeoxychorismate lyase  26.42 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.714245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1861  hypothetical protein  34.24 
 
 		 337 aa  87.4  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1910  aminodeoxychorismate lyase  29.67 
 
 		 341 aa  86.3  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000953369  decreased coverage  0.000000738863 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1129  aminodeoxychorismate lyase  35.36 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.399769 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1587  aminodeoxychorismate lyase  32.07 
 
 		 332 aa  85.9  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2803  aminodeoxychorismate lyase  28.52 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0153211  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1055  aminodeoxychorismate lyase  27.39 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.921254  normal  0.096534 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1090  aminodeoxychorismate lyase  33.52 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3414  aminodeoxychorismate lyase  26.12 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2486  aminodeoxychorismate lyase  25.64 
 
 		 364 aa  84  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00502838  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1633  hypothetical protein  28.33 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0966  aminodeoxychorismate lyase  27.51 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1627  aminodeoxychorismate lyase  29.17 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000211162  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0225  aminodeoxychorismate lyase  28.12 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.58497  normal  0.0291883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4153  aminodeoxychorismate lyase  33.77 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.507493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4657  aminodeoxychorismate lyase  29.7 
 
 		 362 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.333524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0288  aminodeoxychorismate lyase  24.74 
 
 		 658 aa  82.4  0.00000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1612  hypothetical protein  27.44 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000845082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4467  aminodeoxychorismate lyase  25.31 
 
 		 357 aa  81.3  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000156063  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1203  aminodeoxychorismate lyase  26.76 
 
 		 405 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148773 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2905  aminodeoxychorismate lyase  27.21 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2733  aminodeoxychorismate lyase  26.52 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.269056  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1863  aminodeoxychorismate lyase  27.93 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.322444  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0125  aminodeoxychorismate lyase  28.01 
 
 		 393 aa  80.1  0.00000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000881139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2521  aminodeoxychorismate lyase  26.8 
 
 		 372 aa  80.1  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2550  aminodeoxychorismate lyase  28.21 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000202204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1060  aminodeoxychorismate lyase  27.3 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.017221 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1218  aminodeoxychorismate lyase  26.2 
 
 		 348 aa  80.1  0.00000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.319435 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1637  aminodeoxychorismate lyase  29.18 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.521882 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01093  predicted aminodeoxychorismate lyase  27.84 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000123905  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2030  hypothetical protein  27.84 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000821549  hitchhiker  0.00000424543 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4517  conserved hypothetical protein TIGR00247  24.73 
 
 		 356 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000911066  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2227  hypothetical protein  27.84 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000358206  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1218  hypothetical protein  27.84 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000109839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2504  hypothetical protein  27.84 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000670285  unclonable  0.0000000117832 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2514  aminodeoxychorismate lyase  26.8 
 
 		 337 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.636222  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3097  aminodeoxychorismate lyase  24.73 
 
 		 355 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00109006  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1219  hypothetical protein  27.84 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000544785  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1988  aminodeoxychorismate lyase  28.13 
 
 		 345 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01101  hypothetical protein  27.84 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000104993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>