More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1055 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1055  aminodeoxychorismate lyase  100 
 
 		 384 aa  776    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.921254  normal  0.096534 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1072  aminodeoxychorismate lyase  62.3 
 
 		 392 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.232656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2465  hypothetical protein  62.73 
 
 		 393 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.347128  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1127  aminodeoxychorismate lyase  62.73 
 
 		 392 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2179  hypothetical protein  56.1 
 
 		 384 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2903  aminodeoxychorismate lyase  57.74 
 
 		 392 aa  419  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.167786  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1630  aminodeoxychorismate lyase  53.08 
 
 		 385 aa  381  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.118431  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0495  aminodeoxychorismate lyase  39.31 
 
 		 467 aa  257  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.843817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0560  aminodeoxychorismate lyase  39.31 
 
 		 467 aa  257  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.133777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3356  aminodeoxychorismate lyase  41.23 
 
 		 349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681449 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1218  aminodeoxychorismate lyase  39.21 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.319435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0531  aminodeoxychorismate lyase  38.26 
 
 		 464 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.40268 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0466  hypothetical protein  39.84 
 
 		 438 aa  249  7e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.262236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3195  aminodeoxychorismate lyase  55.61 
 
 		 454 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.934507  hitchhiker  0.00937701 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0574  aminodeoxychorismate lyase  38.19 
 
 		 403 aa  248  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0462  hypothetical protein  39.56 
 
 		 412 aa  246  6e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.218984  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2783  aminodeoxychorismate lyase  54.67 
 
 		 456 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2303  aminodeoxychorismate lyase  36.32 
 
 		 422 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0207028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3134  aminodeoxychorismate lyase  37.83 
 
 		 442 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2470  aminodeoxychorismate lyase  35.7 
 
 		 415 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1532  hypothetical protein  38.3 
 
 		 414 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0269325  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2350  aminodeoxychorismate lyase  53.18 
 
 		 416 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0501  hypothetical protein  37.37 
 
 		 369 aa  242  7.999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0748  aminodeoxychorismate lyase  40.23 
 
 		 399 aa  241  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3717  aminodeoxychorismate lyase  53.21 
 
 		 471 aa  239  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444196  normal  0.13956 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0419  aminodeoxychorismate lyase  37.73 
 
 		 328 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.290965  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1060  aminodeoxychorismate lyase  36.2 
 
 		 412 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.017221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2976  aminodeoxychorismate lyase  35.26 
 
 		 425 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1685  aminodeoxychorismate lyase  36.97 
 
 		 407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0892  aminodeoxychorismate lyase  35.7 
 
 		 579 aa  233  3e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0855314 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1203  aminodeoxychorismate lyase  35.68 
 
 		 405 aa  233  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3821  hypothetical protein  36.7 
 
 		 406 aa  233  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3481  aminodeoxychorismate lyase  36.84 
 
 		 418 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1765  aminodeoxychorismate lyase  37 
 
 		 391 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.310683  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1341  aminodeoxychorismate lyase  38.18 
 
 		 325 aa  229  5e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2296  aminodeoxychorismate lyase  50.23 
 
 		 599 aa  226  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2521  aminodeoxychorismate lyase  37.47 
 
 		 372 aa  225  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1582  hypothetical protein  35.2 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314961  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1690  aminodeoxychorismate lyase  35.29 
 
 		 341 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0437285  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1910  aminodeoxychorismate lyase  36.05 
 
 		 341 aa  203  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000953369  decreased coverage  0.000000738863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3494  hypothetical protein  35.29 
 
 		 363 aa  202  8e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000556203  normal  0.010619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1591  aminodeoxychorismate lyase  35.41 
 
 		 343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0649717  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0448  aminodeoxychorismate lyase  50.93 
 
 		 312 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2803  aminodeoxychorismate lyase  34.74 
 
 		 339 aa  199  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0153211  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1919  aminodeoxychorismate lyase  35.04 
 
 		 363 aa  199  9e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2499  aminodeoxychorismate lyase  33.69 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00196213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1627  aminodeoxychorismate lyase  36.97 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000211162  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0090  aminodeoxychorismate lyase  35.56 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.537273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1488  hypothetical protein  34.68 
 
 		 346 aa  192  9e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0806646  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3387  aminodeoxychorismate lyase  41.06 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.107935  normal  0.0743499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2044  hypothetical protein  34.07 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.47923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1605  aminodeoxychorismate lyase  35.36 
 
 		 339 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0288124  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1603  hypothetical protein  35.21 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0141578  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1783  hypothetical protein  35.77 
 
 		 377 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0308564  normal  0.608544 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1716  aminodeoxychorismate lyase  34.47 
 
 		 333 aa  186  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.998027  normal  0.24374 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1417  aminodeoxychorismate lyase  38.08 
 
 		 338 aa  186  5e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.626218  normal  0.75601 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1501  aminodeoxychorismate lyase  34.59 
 
 		 334 aa  186  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00653214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1829  aminodeoxychorismate lyase  38.46 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.021454  normal  0.121238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2241  aminodeoxychorismate lyase  31.47 
 
 		 337 aa  186  8e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1988  aminodeoxychorismate lyase  34.39 
 
 		 345 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1467  aminodeoxychorismate lyase  35.09 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0630531  normal  0.0141986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1426  aminodeoxychorismate lyase  36.03 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219736  normal  0.242343 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3413  aminodeoxychorismate lyase  38.94 
 
 		 334 aa  184  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1093  aminodeoxychorismate lyase  31.79 
 
 		 332 aa  182  8.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.72202  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14960  hypothetical protein  34.41 
 
 		 358 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1544  aminodeoxychorismate lyase  36.07 
 
 		 333 aa  182  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0483176  normal  0.0781021 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2649  aminodeoxychorismate lyase  32.28 
 
 		 335 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1578  aminodeoxychorismate lyase  32.44 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2254  aminodeoxychorismate lyase  34.42 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1861  hypothetical protein  35.99 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824281 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02904  hypothetical protein  32 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003000  hypothetical protein  34.04 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0577137  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1651  hypothetical protein  32.7 
 
 		 371 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.245799  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3409  aminodeoxychorismate lyase  43.81 
 
 		 339 aa  179  5.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1922  aminodeoxychorismate lyase  32.45 
 
 		 335 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6185  aminodeoxychorismate lyase  38.72 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1632  aminodeoxychorismate lyase  36.86 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1894  aminodeoxychorismate lyase  38.72 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.474153  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1917  aminodeoxychorismate lyase  38.38 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.136892 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02331  hypothetical protein  34.28 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1612  hypothetical protein  32.8 
 
 		 340 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000845082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1529  aminodeoxychorismate lyase  32.27 
 
 		 387 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.538963 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02713  hypothetical protein  35.83 
 
 		 357 aa  176  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.117678  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2244  aminodeoxychorismate lyase  34.62 
 
 		 336 aa  176  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00467758  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1433  aminodeoxychorismate lyase  37.35 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1803  aminodeoxychorismate lyase  38.38 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0606768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2520  aminodeoxychorismate lyase  34.79 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0480566  hitchhiker  0.003327 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0967  aminodeoxychorismate lyase  30.77 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.829028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3828  hypothetical protein  31.56 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0420652  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5194  aminodeoxychorismate lyase  38.05 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374187 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1004  aminodeoxychorismate lyase  50 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1831  aminodeoxychorismate lyase  38.38 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1476  hypothetical protein  32.69 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000304616  hitchhiker  0.00000000000128745 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1891  aminodeoxychorismate lyase  32.94 
 
 		 345 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.253385  normal  0.0515475 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4153  aminodeoxychorismate lyase  32.55 
 
 		 393 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.507493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1863  aminodeoxychorismate lyase  35.39 
 
 		 356 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.322444  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2453  aminodeoxychorismate lyase  32.94 
 
 		 345 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0182667  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2268  aminodeoxychorismate lyase  42.67 
 
 		 343 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.642  normal  0.198206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2573  aminodeoxychorismate lyase  32.94 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0650379  normal  0.0398652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2460  aminodeoxychorismate lyase  32.94 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00717262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>