More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2976 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2470  aminodeoxychorismate lyase  86.59 
 
 		 415 aa  715    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2303  aminodeoxychorismate lyase  84.15 
 
 		 422 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0207028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2976  aminodeoxychorismate lyase  100 
 
 		 425 aa  854    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2350  aminodeoxychorismate lyase  77.4 
 
 		 416 aa  636    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1685  aminodeoxychorismate lyase  75.91 
 
 		 407 aa  630  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3481  aminodeoxychorismate lyase  83.06 
 
 		 418 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3821  hypothetical protein  80.29 
 
 		 406 aa  579  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0560  aminodeoxychorismate lyase  54 
 
 		 467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.133777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0495  aminodeoxychorismate lyase  54 
 
 		 467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.843817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0531  aminodeoxychorismate lyase  55.47 
 
 		 464 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.40268 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2296  aminodeoxychorismate lyase  54.89 
 
 		 599 aa  394  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3717  aminodeoxychorismate lyase  52.15 
 
 		 471 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444196  normal  0.13956 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3195  aminodeoxychorismate lyase  51.97 
 
 		 454 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.934507  hitchhiker  0.00937701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2783  aminodeoxychorismate lyase  56.37 
 
 		 456 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0892  aminodeoxychorismate lyase  51.2 
 
 		 579 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0855314 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3134  aminodeoxychorismate lyase  51.22 
 
 		 442 aa  365  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1060  aminodeoxychorismate lyase  46.15 
 
 		 412 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.017221 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1203  aminodeoxychorismate lyase  46.3 
 
 		 405 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148773 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0748  aminodeoxychorismate lyase  49.15 
 
 		 399 aa  331  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1532  hypothetical protein  46.56 
 
 		 414 aa  326  5e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0269325  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0574  aminodeoxychorismate lyase  46.22 
 
 		 403 aa  325  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1765  aminodeoxychorismate lyase  46.11 
 
 		 391 aa  322  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.310683  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0466  hypothetical protein  45.14 
 
 		 438 aa  321  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.262236  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0462  hypothetical protein  44.86 
 
 		 412 aa  318  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.218984  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3356  aminodeoxychorismate lyase  52.3 
 
 		 349 aa  318  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681449 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0501  hypothetical protein  44.35 
 
 		 369 aa  295  1e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2521  aminodeoxychorismate lyase  45.05 
 
 		 372 aa  282  9e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0419  aminodeoxychorismate lyase  47.2 
 
 		 328 aa  279  7e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.290965  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1218  aminodeoxychorismate lyase  46.24 
 
 		 348 aa  276  4e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.319435 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1072  aminodeoxychorismate lyase  38.15 
 
 		 392 aa  252  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.232656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2179  hypothetical protein  37.27 
 
 		 384 aa  245  9e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2465  hypothetical protein  37.2 
 
 		 393 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.347128  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1127  aminodeoxychorismate lyase  37.2 
 
 		 392 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1630  aminodeoxychorismate lyase  53.05 
 
 		 385 aa  235  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.118431  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1055  aminodeoxychorismate lyase  35.26 
 
 		 384 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.921254  normal  0.096534 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1341  aminodeoxychorismate lyase  41.36 
 
 		 325 aa  226  7e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3409  aminodeoxychorismate lyase  41.36 
 
 		 339 aa  219  8.999999999999998e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0448  aminodeoxychorismate lyase  42.81 
 
 		 312 aa  218  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0090  aminodeoxychorismate lyase  38.69 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.537273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2903  aminodeoxychorismate lyase  46.48 
 
 		 392 aa  205  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.167786  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1910  aminodeoxychorismate lyase  36.94 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000953369  decreased coverage  0.000000738863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1582  hypothetical protein  37.27 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314961  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1488  hypothetical protein  35.63 
 
 		 346 aa  198  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0806646  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1690  aminodeoxychorismate lyase  37.38 
 
 		 341 aa  197  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0437285  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3494  hypothetical protein  37.38 
 
 		 363 aa  196  8.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000556203  normal  0.010619 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2153  hypothetical protein  37.96 
 
 		 339 aa  194  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.692536  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2499  aminodeoxychorismate lyase  35.84 
 
 		 339 aa  193  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00196213  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2803  aminodeoxychorismate lyase  34.59 
 
 		 339 aa  193  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0153211  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1627  aminodeoxychorismate lyase  36.57 
 
 		 343 aa  193  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000211162  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0717  aminodeoxychorismate lyase  37 
 
 		 335 aa  193  6e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.16974  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1633  hypothetical protein  34.7 
 
 		 355 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1529  aminodeoxychorismate lyase  37.84 
 
 		 331 aa  190  4e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.305783  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1042  aminodeoxychorismate lyase  38.1 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0148163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1605  aminodeoxychorismate lyase  33.85 
 
 		 339 aa  186  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0288124  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1997  hypothetical protein  37.23 
 
 		 331 aa  186  7e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1591  aminodeoxychorismate lyase  33.63 
 
 		 343 aa  186  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0649717  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2321  putative lipoprotein  37.85 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2282  putative lipoprotein  37.85 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1190  putative lipoprotein  37.85 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1426  putative lipoprotein  37.85 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.425496  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2444  hypothetical protein  37.85 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.700087  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1917  hypothetical protein  37.85 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3387  putative lipoprotein  37.85 
 
 		 339 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1918  aminodeoxychorismate lyase  32.48 
 
 		 421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.204138  unclonable  0.000000331509 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1919  aminodeoxychorismate lyase  34.77 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0967  aminodeoxychorismate lyase  36.22 
 
 		 357 aa  185  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.829028  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1603  hypothetical protein  35.67 
 
 		 338 aa  184  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0141578  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1612  hypothetical protein  36.39 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000845082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0005  aminodeoxychorismate lyase  34.51 
 
 		 327 aa  183  6e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000992333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1917  aminodeoxychorismate lyase  38.08 
 
 		 339 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.136892 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02713  hypothetical protein  39.78 
 
 		 357 aa  182  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.117678  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14960  hypothetical protein  34.32 
 
 		 358 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6185  aminodeoxychorismate lyase  38.08 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1894  aminodeoxychorismate lyase  38.08 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.474153  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3796  aminodeoxychorismate lyase  31.89 
 
 		 406 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.77523  normal  0.494507 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003000  hypothetical protein  32.56 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0577137  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02904  hypothetical protein  32.56 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25730  hypothetical protein  34.58 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0867332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1494  aminodeoxychorismate lyase  32.56 
 
 		 400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1417  aminodeoxychorismate lyase  35.26 
 
 		 338 aa  180  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.626218  normal  0.75601 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1831  aminodeoxychorismate lyase  39.4 
 
 		 339 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2198  hypothetical protein  34.58 
 
 		 349 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1254  aminodeoxychorismate lyase  37.13 
 
 		 345 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.874489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1803  aminodeoxychorismate lyase  39.4 
 
 		 339 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0606768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3828  hypothetical protein  32.07 
 
 		 379 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0420652  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1501  aminodeoxychorismate lyase  35.52 
 
 		 334 aa  179  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00653214  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1783  hypothetical protein  35.24 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0308564  normal  0.608544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0625  aminodeoxychorismate lyase  35.71 
 
 		 357 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0512441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1651  hypothetical protein  31.58 
 
 		 371 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.245799  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1380  aminodeoxychorismate lyase  38.41 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1660  aminodeoxychorismate lyase  37.2 
 
 		 336 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1735  aminodeoxychorismate lyase  37.2 
 
 		 336 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.163239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1863  aminodeoxychorismate lyase  34.53 
 
 		 356 aa  178  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.322444  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5194  aminodeoxychorismate lyase  38.74 
 
 		 339 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374187 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0876  aminodeoxychorismate lyase  39.4 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1467  aminodeoxychorismate lyase  33.24 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0630531  normal  0.0141986 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1632  aminodeoxychorismate lyase  32.26 
 
 		 351 aa  176  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1830  aminodeoxychorismate lyase  35.23 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4153  aminodeoxychorismate lyase  34.46 
 
 		 393 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.507493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1529  aminodeoxychorismate lyase  33.85 
 
 		 387 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.538963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>